继续延续上一季的剧情，原来穆德受了骗，及时发觉错误后和史考莉串通好来骗政府高层，以潜入一个“作为一个普通FBI特别探员不该进入的地方”搜集需要的资料。本季发展越来越精彩，一些没有被完全改造的混血外星人联合起来抵抗殖民阴谋。史考莉被绑架时子宫被移除，但今年却出现了她的孩子——艾蜜莉。今年制作小组甚至找了两位知名科幻小说家操笔，客串写出两集剧本。另外今年也有一集喜剧。整出X档案为了配合电影的上映，加入了一些角色及内容，“辛迪加”组织的阴谋越来越明显，穆德再一次接近事实的真相。穆德前女友的出现也对穆德与史考莉间的关系做出重大考验。该季结束于吸烟人烧毁了所有X档案卷宗。
演员：凯瑟琳·温妮克 凯莉·班伯里 布莱恩·格拉格提 黛迪·菲佛 安雅·萨维奇 詹妮娜·加万卡 罗根·马歇尔-格林 奥玛尔·梅特瓦利 约翰·卡洛·林奇 洁西·詹姆斯·凯特尔 Arturo del Puerto 派崔克·盖勒 迈克尔·马拉基 安德里亚斯·艾波吉斯 梅天悦 杰里米·雷·泰勒 洛拉·里德 塞巴斯蒂安·莱内尔 詹森·阿克斯
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演员：安迪·萨姆伯格 斯蒂芬妮·比翠丝 泰瑞·克鲁斯 梅丽莎·弗梅洛 乔·洛·特鲁格里奥 切尔西·帕瑞蒂 安德鲁·布劳尔 德克·布罗克 乔尔·麦金农·米勒 乔玛·塔科内 雷亚·普尔曼 贝琪·索达罗 玛娅·鲁道夫 佐伊·丹斯切尔 Algerita Wynn Lewis 吉娜·格申 瑞恩·菲利普 杰森·曼楚克斯 Billy Ray Gallion Susan Berger
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